为了贯彻落实市委、市府的重大战略部署，按照中共中央、国务院2012年1号文件《关于加快推进农业科技创新持续增强农产品供给保障能力的若干意见》和《国务院关于武陵山片区区域发展与规划（2011-2020年）的批复》（国函〔2011〕125号）精神，着力培育特色优势产业，促进科学技术与产业经济的紧密结合。全面提升石柱及武陵山区农业科技、产业发展水平，大力推动武陵山区现代农业发展。本着“院县互动、平等自愿、互利互惠、注重实效、创新发展”的原则，经重庆市农业科学院和石柱土家族自治县人民政府共同协商，决定在石柱县合作建设重庆市农业科学院武陵山研究所,并就相关事宜达成了一致意见。
一、合作共建
    重庆市农业科学院与石柱土家族自治县人民政府合作共建重庆市农业科学院武陵山研究所，研究所为常设科研机构，隶属于县人民政府，由县农业委员会代管，人员以专职和兼职结合。
二、合作目标和内容
    合作目标：立足石柱，服务武陵山区，建成武陵山区生态农业发展科技创新基地的典范。
    合作内容：主要从事以武陵山区特色效益农业（蔬菜、果树等为主，以作物、信息、农业资源、农产品加工、质量安全、检测、特色资源挖掘利用等为代表）的现代产业研究。包括新品种选育，简化高效栽培技术研究,标准化生产,农业产业结构调整和模式优化，质量安全体系构建研究，农产品贮运、加工技术研究以及农业品牌的策划与打造等。共建科研基地以及新品种、新技术示范基地,加快科技成果、技术在乙方推广与转化;以基地示范带动，为石柱县乃至整个武陵山区农业发展提供人才科技支撑。
三、管理体制
    （一）研究所为股份制机构，内部按市场化运行机制。重庆市农业科学院以技术、项目等入股，石柱县以资金、土地、房屋等入股，双方各执50%股份。
    （二）研究所班子成员由双方共同任命，业务上接受重庆市农业科学院指导；所长由重庆市农业科学院选派，并挂职石柱县农业委员会副主任，负责科研、管理；常务副所长由石柱县人民政府选派，负责协调县内各部门及乡镇工作。
    （三）研究所重大事项由双方共同讨论决策、签字同意后实施；日常事务经所长和常务副所长共同签字后方可实施。
    （四）根据中心研发工作需要，派遣水稻、玉米、蔬菜、果树、食品加工、特色作物、质量安全、资环等领域8名中青年专家常驻，根据具体业务需要再派遣项目专家。具体承担项目研究、科技示范和成果转化工作，推动石柱县及武陵山区农业经济社会健康发展。